「日本の棚田百選」は、1999年7月26日に農林水産省によって発表されました。百選と言っても、実際は117市町村（認定当時）の134地区が選ばれています。これは、棚田がもつ多面的機能が評価され、その維持・保全を図ることを目的とされているため、できるだけ多くの棚田に光をあてようとする考えによるものです。
| 府県名 | 棚田名称 | よみ方 | 市町村名 | 現市町村名 |
| 岩手 | 山吹 | やまぶき | 大東町 | 一関市 |
| 宮城 | 沢尻 | さわじり | 丸森町 | 丸森町 |
| 西山 | にしやま | 栗駒町 | 栗原市 | |
| 山形 | 椹平 | くぬぎだいら | 朝日町 | 朝日町 |
| 大蕨 | おおわらび | 山辺町 | 山辺町 | |
| 四ヶ村の棚田 | しかむらのたなだ | 大蔵村 | 大蔵村 | |
| 栃木 | 石畑 | いしばたけ | 茂木町 | 茂木町 |
| 国見 | くにみ | 烏山町 | 那須烏山市 | |
| 長野 | 宇坪入 | うつぼいり | 小諸市 | 小諸市 |
| 稲倉 | いなくら | 上田市 | 上田市 | |
| 姫子沢 | ひめこざわ | 東部町 | 東御市 | |
| 滝の沢 | たきのさわ | |||
| よこね田んぼ | よこねたんぼ | 飯田市 | 飯田市 | |
| 重太郎 | じゅうたろう | 八坂村 | 大町市 | |
| 青鬼 | あおに | 白馬村 | 白馬村 | |
| 慶師沖 | けいしおき | 大岡村 | 長野市 | |
| 根越沖 | ねごしおき | |||
| 原田沖 | はらだおき | |||
| 姨捨 | おばすて | 更埴市 | 千曲市 | |
| 塩本 | しおもと | 信州新町 | 長野市 | |
| 栃倉 | とちくら | 中条村 | ||
| 大西 | おおにし | |||
| 田沢沖 | たざわおき | |||
| 福島新田 | ふくしましんでん | 飯山市 | 飯山市 | |
| 静岡 | 久留女木の棚田 | くるめきのたなだ | 引佐町 | 浜松市 |
| 大栗安の棚田 | おおぐりやすのたなだ | 天竜市 | ||
| 荒原の棚田 | あらはらのたなだ | 天城湯ヶ島町 | 伊豆市 | |
| 下ノ段の棚田 | したのだんのたなだ | |||
| 北山の棚田 | きたやまのたなだ | 戸田村 | 沼津市 | |
| 新潟 | 上船倉の棚田 | かみふなくらのたなだ | 安塚町 | 上越市 |
| 狐塚の棚田 | きつねづかのたなだ | 松之山町 | 十日町市 | |
| 蓮野の棚田 | はすののたなだ | 大島村 | 上越市 | |
| 花坂の棚田 | はなさかのたなだ | 高柳町 | 柏崎市 | |
| 梨ノ木田の棚田 | なしのきだのたなだ | |||
| 大開の棚田 | おおびらきのたなだ | |||
| 北五百川の棚田 | きたいもがわのたなだ | 下田村 | 三条市 | |
| 富山 | 長坂 | ながさか | 氷見市 | 氷見市 |
| 三乗 | みのり | 八尾町 | 富山市 | |
| 石川 | 奥山田 | おくやまだ | 津幡町 | 津幡町 |
| 大笹波水田 | おおささなみすいでん | 富来町 | 志賀町 | |
| 白米の千枚田 | しらよねのせんまいだ | 輪島市 | 輪島市 | |
| 福井 | 梨ヶ平地区千枚田 | なしがだいらちくせんまいだ | 越前町 | 越前町 |
| 日引 | ひびき | 高浜町 | 高浜町 | |
| 岐阜 | 正ヶ洞 | しょうがほら | 白鳥町 | 郡上市 |
| 上代田 | かみだいだ | 八百津町 | 八百津町 | |
| 坂折 | さかおり | 恵那市 | 恵那市 | |
| 田頃家 | たどころけ | 上宝村 | 高山市 | |
| ナカイ田 | なかいだ | 久々野町 | ||
| 愛知 | 四谷千枚田 | よつやせんまいだ | 鳳来町 | 新城市 |
| 長江の棚田 | ながえのたなだ | 設楽町 | 設楽町 | |
| 三重 | 丸山千枚田 | まるやませんまいだ | 紀和町 | 熊野市 |
| 深野のだんだん田 | ふかののだんだんた | 飯南町 | 松阪市 | |
| 坂本 | さかもと | 亀山市 | 亀山市 | |
| 滋賀 | 畑の棚田 | はたのたなだ | 高島町 | 高島市 |
| 京都 | 毛原 | けはら | 大江町 | 福知山市 |
| 袖志 | そでし | 丹後町 | 京丹後市 | |
| 大阪 | 下赤阪の棚田 | しもあかさかのたなだ | 千早赤阪村 | 千早赤阪村 |
| 長谷の棚田 | ながたにのたなだ | 能勢町 | 能勢町 | |
| 兵庫 | 岩座神 | いさりがみ | 加美町 | 多可町 |
| 乙大木谷 | おつおおきだに | 佐用町 | 佐用町 | |
| うへ山 | うえやま | 美方町 | 香美町 | |
| 西ヶ岡 | にしがおか | 村岡町 | ||
| 奈良 | 神奈備の郷(稲淵) | かんなびのさと(いなぶち) | 明日香村 | 明日香村 |
| 和歌山 | 蘭島 | あらぎじま | 清水町 | 有田川町 |
| 鳥取 | 横尾 | よこお | 岩美町 | 岩美町 |
| 舂米 | つくよね | 若桜町 | 若桜町 | |
| 島根 | 中垣内 | なかがあち | 益田市 | 益田市 |
| 山王寺 | さんのうじ | 大東町 | 雲南市 | |
| 大原新田 | おおはらしんでん | 横田町 | 奥出雲町 | |
| 神谷 | かんだに | 羽須美村 | 邑南町 | |
| 都川 | つかわ | 旭町 | 浜田市 | |
| 室谷 | むろだに | 三隅町 | ||
| 大井谷 | おおいだに | 柿木村 | 吉賀町 | |
| 岡山 | 北庄 | きたしょう | 久米南町 | 久米南町 |
| 上籾 | かみもみ | |||
| 小山 | こやま | 旭町 | 美咲町 | |
| 大垪和西棚田 | おおはがにしたなだ | 中央町 | ||
| 広島 | 井仁 | いに | 筒賀村 | 安芸太田町 |
| 山口 | 東後畑 | ひがしうしろばた | 油谷町 | 長門市 |
| 徳島 | 樫原の棚田 | かしはらのたなだ | 上勝町 | 上勝町 |
| 下影 | しもかげ | 井川町 | 三好市 | |
| 香川 | 中山千枚田 | なかやませんまいだ | 池田町 | 小豆島町 |
| 愛媛 | 泉谷 | いずみたに | 五十崎町 | 内子町 |
| 堂の坂 | どうのさこ | 城川町 | 西予市 | |
| 奥内 | おくうち | 松野町 | 松野町 | |
| 高知 | 千枚田 | せんまいだ | 檮原町 | 檮原町 |
| 福岡 | 広内・上原地区棚田 | ひろうち・うえばるちくたなだ | 星野村 | 八女市 |
| 葛籠棚田 | つづらたなだ | 浮羽町 | うきは市 | |
| 白川 | しらかわ | 甘木市 | 朝倉市 | |
| 竹 | たけ | 宝珠山村 | 東峰村 | |
| 佐賀 | 蕨野の棚田 | わらびののたなだ | 相知町 | 唐津市 |
| 大浦の棚田 | おおうらのたなだ | 肥前町 | ||
| 浜野浦の棚田 | はまのうらのたなだ | 玄海町 | 玄海町 | |
| 岳の棚田 | たけのたなだ | 西有田町 | 有田町 | |
| 江里山の棚田 | えりやまのたなだ | 小城町 | 小城市 | |
| 西の谷の棚田 | にしのたにのたなだ | 富士町 | 佐賀市 | |
| 長崎 | 鬼木棚田 | おにきたなだ | 波佐見町 | 波佐見町 |
| 土谷棚田 | どやたなだ | 福島町 | 松浦市 | |
| 日向の棚田 | ひなたのたなだ | 川棚町 | 川棚町 | |
| 大中尾棚田 | おおなかおたなだ | 外海町 | 長崎市 | |
| 谷水 | たにみず | 南有馬町 | 南島原市 | |
| 清水棚田 | しみずたなだ | 千々石町 | 雲仙市 | |
| 熊本 | 扇棚田 | おうぎたなだ | 産山村 | 産山村 |
| 日光の棚田 | にちこうのたなだ | 坂本村 | 八代市 | |
| 天神木場の棚田 | てんじんこばのたなだ | 東陽村 | ||
| 美生の棚田 | びしょうのたなだ | |||
| 大作山の千枚田 | おおさくやまのせんまいだ | 龍ヶ岳町 | 上天草市 | |
| 静趣活創棚田・番所 | せいしゅかっそうたなだ・ばんしょ | 菊鹿町 | 山鹿市 | |
| 鬼の口棚田 | おにのくちたなだ | 球磨村 | 球磨村 | |
| 松谷棚田 | まつたにたなだ | |||
| 寒川地区棚田 | さむかわちくたなだ | 水俣市 | 水俣市 | |
| 峰棚田 | みねたなだ | 矢部町 | 山都町 | |
| 菅迫田 | すげさこだ | |||
| 大分 | 由布川奥詰 | ゆふがわおくづめ | 挾間町 | 由布市 |
| 内成棚田 | うちなりたなだ | 別府市 | 別府市 | |
| 軸丸 | じくまる | 緒方町 | 豊後大野市 | |
| 山浦早水 | やまうらそうず | 玖珠町 | 玖珠町 | |
| 両合棚田 | りょうあいたなだ | 院内町 | 宇佐市 | |
| 羽高棚田 | はだかたなだ | 山国町 | 中津市 | |
| 宮崎 | 真幸棚田 | まさきたなだ | えびの市 | えびの市 |
| 尾戸の口(神々の里） | おとのくち(かみがみのさと) | 高千穂町 | 高千穂町 | |
| 栃又 | とちまた | |||
| 徳別当 | とくべっとう | |||
| 石垣の村 | いしがきのむら | 日之影町 | 日之影町 | |
| 鳥の巣 | とりのす | 五ケ瀬町 | 五ケ瀬町 | |
| 下の原 | しものはる | |||
| 日蔭 | ひぞえ | |||
| 坂元棚田 | さかもとたなだ | 日南市 | 日南市 | |
| 向江棚田 | むかえたなだ | 西米良村 | 西米良村 | |
| 春の平棚田 | はるのひらたなだ | |||
| 鹿児島 | 内之尾 | うちのお | 入来町 | 薩摩川内市 |
| くりの町幸田の棚田 | くりのまちこうだのたなだ | 栗野町 | 湧水町 | |
| 佃 | つくだ | 頴娃町 | 南九州市 |
